القصة تدور في عام 2012 وهي مكملة لأحداث الجزء الثاني من السلسلة حيث يتوجه (Desmond) بذاكرته إلي مدينة (Monteriggioni) ومنها إلي فيلا (Villa Auditore) المحطمة ويعيد الكهرباء إلي الأنفاق القديمة , ومن ثم يسيطر ديزموند علي (Ezio Auditore) من خلال الذاكرة حيث تدور قصة إزيو في عام 1499 وهو يهرب من مدينة روما مع عمه ماريو (Mario Auditore) ويصل إلي مدينة (Monteriggioni) , والتي يتم محاصرتها من قبل (Cesare Borgia) أبن (Rodrigo Borgia) والذي يدمر المدينة ويتركها خراب.
ويموت ماريو عم إزيو في الهجوم وعليه يقرر إزيو التوجه إلي تفاح عدن ليحصل علي المصنوعة اليدوية ليحصل منها علي القوي العظمي , وعليه يهرب من أنفاق المدينة مع عائلته ويعود إلي روما حيث مدينة (Templar) بإيطاليا , وتكون مهمة إيزيو هنا هي أعادة وتأسيس مركز قتال الأخوة لتحطيم المدينة وقتل عدوه القيصر (Borgia) , وبعد أن تعود الذاكرة إلي ديزموند يكتشف أن إيزو بعدما قتل القيصر وحطم المدينة قد دفن تفاح عدن تحت مدينة (Collesium) بمعبد جونو (Juno) , لذلك يقرر ديزموند استعادة نشاطه ليحصل علي تفاح عدن ويقتل صديقته (Lucy Stillman) بعد إن تسيطر عليه التفاحة لتنتهي القصة.
