تدور القصة حول شخصية إسحاق كلارك الذي يبدأ فى هذا الجزء فى مستشفي أمراض نفسية بعد مرور ثلاث سنوات من أحداث الجزء الأول , وتعتبر ذاكرة إسحاق ضعيفة جدا حيث يجد نفسه فى المستشفي التى تم تدمرها من قبل الوحوش (necromorph) التى تحولت بسبب العلامة ويأتي فرانكو لتحرير إسحاق من المستشفي ولكنه يقتل ويبدأ فى الفرار من الوحوش , ولكن بعد هروب إسحاق من المستشفي يتلقى اتصال من امرأة تدعى داينا وأيضا اتصال من مريض يدعى نولان ستروس الذي يريد أن يحطم العلامة المتسببة فى الكارثة , ويثق إسحاق فى داينا ويشق طريقه داخل المجمع حتى يصل إليها وتقوم بالقبض عليه من قبل الحراس حتى تأتى طائرة وتقوم بإطلاق النار على الجميع , ولكن يهرب إسحاق مرة أخري إلى نفق تحت الأرض بعد أن عرف من دانيا أنها أرسلت إلى هذه المدينة حتى تقبض على إسحاق الذين يعتقدون أنه المسئول عن انتشار العلامة والمتسبب فى هذه الكارثة.
يتصل نولان مرة أخري بإسحاق ليخبره عن خطته فى تدمير العلامة وأنها متواجدة بقطاع الحكومة المغلق , ويواصل إسحاق طريقه مرة أخري ولكنه يصادف فتاة مازالت على قيد الحياة تدعى إليلى لانجفورد من شرطة CEC وتقرر الانضمام معهم لأنها تريد أن تهرب من هذا الكابوس , ولكن مدير المحطة هانز تيديمان يرمى بعض العقبات فى طريقهم لمنعهم من الوصول إلى العلامة , وأيضا يشاهد إسحاق فيديو بأن نولان يهاجم إيلي وينقطع الاتصال , ولكن سوف يشق طريقه مرة أخري حتى يصادف نولان ويقتله للدفاع عن النفس , وبعدها يشق إسحاق طريقه إلى العلامة حيث يري نيكول حبيبته السابقة بشكل أكثر وضوح وتحاول منعه من الوصول إلى العلامة حتى يقابل إيلي ويدعوها إلى الرحيل بالسفينة الصغيرة , ومن ثم يكمل طريقه حيث يتضح له أن قدره أن يضحى بنفسه لإيقاف العلامة لأنه لا يستطيع أن يقاوم رؤى نيكول الدائمة , ولكنه يصمد ويثق فى نيكول مرة أخري ويتوجه للعلامة ليجد هنز يريد قتله ولكنه يتغلب عليه ويقتله وينضم إلى نيكول مرة أخري ولكنها تغدر به وترميه فى قاع العلامة حيث يتطلب منه أن يقوم بقتل شبح نيكول حتى يدمر العلامة وبالفعل ينجح فى ذلك وتأتى إيلي بعد ذلك لتنقذه بالسفينة.
